Doğu Karadeniz Kalkınma Ajansı teşkilat yapısı; ''4 Nolu Bakanlıklara Bağlı, İlgili, İlişkili Kurum ve Kuruluşlar ile Diğer Kurum ve Kuruluşların Teşkilatı Hakkında'' Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi’nin 190. maddesi uyarınca, Kalkınma Kurulu, Yönetim Kurulu, Genel Sekreterlik ve Yatırım Destek Ofislerinden oluşmaktadır. Aynı kanunun ilgili maddelerine göre Yönetim Kurulu karar organı, Kalkınma Kurulu danışma organı ve Genel Sekreterlik icra organıdır.
Kalkınma Ajansları Kalkınma Kurullarına Temsilci Gönderecek Kurum ve Kuruluşların Belirlenmesi ve Bazı Bakanlar Kurulu Kararlarında Değişiklik Yapılması Hakkında Kararın ekinde yer alan Kalkınma Kurulu Üye Listelerine ilişkin tablonun yürürlükten kaldırılması hakkındakı ekli Karar’ın yürürlüğe konulması; Kalkınma Bakanlığının 15/8/2016 tarihli ve 3236 sayılı yazısı üzerine, 25/1/2006 tarihli ve 5449 sayılı Kalkınma Ajanslarının Kuruluşu. Koordinasyonu ve Görevleri Hakkında Kanunun 3 üncü ve 8 inci maddelerine göre, Bakanlar Kurulu’nca 15/8/2016 tarihinde kararlaştırılmıştır. 2016/9112 sayılı bu karar uyarınca Kalkınma Kurulu Üye Listelerine ilişkin tablo yürürlükten kaldırılmıştır.